1958年高校经常“停课闹革命”，破坏了正常的教学秩序。1959年初，中共中央在北京召开教育工作会议，对1958年的教育进行了反思，提出全日制学校要贯彻“教学为主”的原则，发挥教师在教学工作中的主导作用，建立正常的师生关系。1959年2月，北京市委召开教育工作会议，明确指出1958年高校安排体力劳动过多，理论学习过少，要纠正这一偏向；要加强基础理论的教学，提高教育质量。在这种形势下，中共北京石油学院第二次党员代表大会于1959年3月14日至20日举行。参加会议的正式代表101人，列席代表33人。党委书记阎子元代表上届党委作了题为《关于进一步贯彻党的教育方针问题》的报告。

会议指出，今后学院的总任务是：在党的领导下，发挥教师、学生、职工三结合的力量，摸出一套教学、生产、科研三结合的经验，以达到贯彻党的教育方针，提高教学质量的目的。会议强调，学校工作应当以教学为主，在教学工作中应明确以教师为主，建议教学部门加强基础课教学，减少劳动时间，增加理论课的教学时数等。

会议选出了新一届党委，党委委员25人。在第二届党委一次会议上，选出党委常委11人：阎子元、张定一、孙卓夫、贾皞、李风、陈骥、许德贵、骆正愉、张楷、石生、祝惠民。阎子元任党委书记，张定一、孙卓夫、贾皞、李风任副书记。大会选出监委委员9人，李风任监委书记，石生任副书记。

这次党代会还决定了实行党委领导下的院务委员会负责制。院务委员会是党委领导下的学院最高行政机构，院长为主席。凡有关教学、生产、科研等行政方面的较重大问题，都经此机构讨论通过，再贯彻执行。