1959～1960年，学院在党内“反右倾”斗争升级。一批既懂业务又是党员的年轻干部被称之为“党内小专家”，在党员干部中进行批判和斗争。在此形势下，中共北京石油学院第三次代表大会于1960年6月10日至13日举行。出席大会的正式代表93人，代表全院954名党员，列席代表44人。党委书记阎子元作《第二次代表大会以来贯彻党的教育方针的基本总结及今后任务》的报告，党委副书记孙卓夫作《继续开展两条路线的斗争，为进一步巩固党的领导而奋斗》的报告。在后一个报告中，集中阐述了学院的“路线斗争”和批判“党内小专家”的问题。

大会提出学院今后的方针任务是：在党的领导下，坚持毛泽东思想挂帅，大力发动群众，继续深入贯彻社会主义建设总路线和党的教育方针，以校内外三结合（校内：教师、学生、职工；校外：学校、工矿企业、科学研究机构）保证教学、生产劳动、科学研究三结合。大搞尖端科学研究，大搞技术革命，深入开展教学革命和思想革命，不断提高教育质量，为建设共产主义的石油学院而奋斗。

这次会议，把批判“党内小专家”的斗争公开化，并试图在理论上进行总结和提高，严重打击了一批青年知识分子党员的积极性。同时，会议又强调了对所谓“资产阶级知识分子”的改造和斗争，也伤害了广大教职工的感情。

大会选出第三届党委委员29人、监委委员11人。党委三届一次全会上，选出党委常委13人：阎子元、孙卓夫、李风、贾皞、石生、张楷、韩浩、祝惠民、陈树基、罗梦槐、亓镜华、沈明轩、曹承彬。阎子元任党委书记，孙卓夫、贾皞、石生、张楷任副书记。监委一次会议选举石生为监委书记，沈明轩、贾天秀为副书记。