1963年1月13至17日，学院第五次党代会召开。大会正式代表111人，代表全校党员869人，列席代表43人。这次会议主要是总结贯彻“高教六十条”的成绩和经验，更加全面和坚定地执行“高校六十条”。党委书记阎子元作《高举毛泽东思想红旗，鼓足干劲，加强团结，为争取我院教育工作的新胜利而奋斗》的报告。

会议根据“高校六十条”的要求，具体制订了加强“三基”（基础理论、基本知识、基本技能）教育的措施。强调要认真制订和执行教学计划，力求稳定3至5年。会议强调，要充分发挥知识分子在办学中的作用，不仅要在政治上思想上信任知识分子，而且要在组织上提高知识分子的地位。要尊重党外知识分子干部，要保证他们有职有权。

大会选出第五届党委委员29人。党委五届一次全会上，选出党委常委13人：阎子元、孙卓夫、贾皞、石生、张楷、韩浩、刘永昌、沈明轩、何仁江、单巩、祝惠民、李洪甲、康斌，阎子元任党委书记，孙卓夫、贾皞、石生、张楷任副书记。大会选出监委委员11人，监委书记石生。

本次会议为学院的教学、生活秩序走向正常提供了保证，有力地促进了教学科研的恢复和发展。但是，由于我党对于过去在经济上“左”的指导思想并未彻底纠正，而在政治和思想文化方面“左”的东西还有发展，这就使得学校的发展仍难摆脱曲折。尤其是“文革”、迁校等巨大打击，第六次党代会的召开已是23年后的1986年，地点也从北京变为山东。