中共北京石油学院第二次代表大会于1959年3月14—20日举行。参加会议的正式代表101人，代表全院党员803人，列席代表33人。阎子元代表上届党委作了题为《关于进一步贯彻党的教育方针问题》的报告。

会议指出今后学院的总任务是：在党的领导下，发挥教师、学生、职工三结合的力量，摸出一套教学、生产、科研三结合的经验，以达到贯彻党的教育方针，提高教学质量的目的。会议强调学校工作应当以教学为主，在教学工作中应明确以教师为主，建议教学部门加强基础课教学，减少劳动时间，增加理论课的教学时数等。

会议选出了新一届党委，党委委员25人。在第二届党委一次会议上，选出党委常委11人：阎子元、张定一、孙卓夫、贾皞、李风、陈骥、许德贵、骆正愉、张楷、石生、祝惠民。阎子元任党委书记，张定一、孙卓夫、贾皞、李风任副书记。大会选出监委委员9人，李风任监委书记，石生任副书记。

这次党代会还决定了实行党委领导下的院务委员会负责制。院务委员会是党委领导下的学院最高行政机构，院长为主席。凡有关教学、生产、科研等行政方面的较重大问题，都经此机构讨论通过，再贯彻执行。